Neo és Trinity csatlakoznak Morpheushoz a Zionba vezető útján. Zion az utolsó szabad emberek lakta kolónia, aholNeóra, a kiválasztottra úgy tekint a többség, mint a megváltóra, az emberiség utolsó reményére.

Neo és Trinity szerelme itt végre kiteljesedhet, de a románc nem tarthat sokáig. Útra kell ismét kelniük, hogy küldetésüket beteljesítsék, hiszen a gépek újabb, a korábbinál sokkal erősebb serege tart Zion felé, hogy egy utolsó rohammal elpusztítsa az ellenállókat.

Neo visszatér a Mátrixba és felkeresi az orákulumot, aki elmondja neki, hogy csak akkor mentheti meg az emberiséget, ha eljut a Forráshoz. A Forrást azonban csak úgy érheti el, ha segítségül hívja a Kulcskészítőt, egy programot, amit egy másik, az egyik legrégebbi program tart fogva: Merovingin.

A Mátrixban természetesen már várták Neo felbukkanását.Smith ügynök készen áll, hogy újra megküzdjön régi ellenfelével. Smith programja időközben tovább fejlesztette magát, így most már korlátlan számban képes önmagát reprodukálni. Neo számára azonban tucatnyi Smith ügynök sem jelenthet akadályt.

Merovingin nem hajlandó együttműködni Neóval, de a felesége, Perszephoné némi ellenszolgáltatás fejében segít a Kiválasztottnak. Miután megtalálják a Kulcskészítőt, az ügynökökön túl Neónak, Trinity-nek és Morpheusnak szembe kell nézniük a feldühödött Merovingin két csatlósával, a kíméletlen albínó-ikrekkel is.

Most már szabad az út a Forráshoz, ahol Neo találkozik az Építésszel, de a kérdéseire tőle sem kap választ - csupán újabb kérdések merülnek fel benne, amelyek megkérdőjeleznek ismét mindent, amiben eddig biztos volt.