Az Apokalipszis most története a vietnami háború idején játszódik. Willard kapitány a saigoni CIA-tól azt a különleges megbízatást kapja, hogy a háború hatására nyilvánvalóan megőrült - korábban zseniális hadvezérként operáló - ezredest likvidáljon.
Látnia kell, mint válik a vietnámi háború szándékos vagy félelem szülte gyilkolássá. Feladata könnyen az életébe kerülhet Az ellenséges területeken keresztül el kell jutnia a kambodzsai határhoz, ahol már hosszú ideje él a hegyekben egy "zöldsapkás" ezredes, Kurtz, aki az őt istenként tisztelő bennszülöttekből magánhadsereget szervezett, s esztelen vérengzésekkel tölti napjait.
Willard útja felfelé a folyón, a háborús területen keresztül egyre inkább erős színekkel festett rémálomhoz hasonlít. Küldetése: megsemmisítés tekintet nélkül a körülményekre. A kérdés: vajon ő megússza-e a háború szürreális világát anélkül, hogy elveszítené emberi mivoltát...