Beethoven, a szeretnivaló óriás bernáthegyi felnőtt korba lépett. Már nem tölti minden percét imádott gazdáinál, a
Newton családnál, mert elkapta őt is a szerelemnek nevezett halálos kór. A kiválasztott nem más, mint a csábos
Missy - maga is bernáthegyi - aki a
Beethovennel töltött romantikus, kertmozis éjszaka után anyai örömök elé néz.
Sajnos az idillnek hamar vége szakad, ugyanis Missy-t elrabolja gazdája ex-felesége, Regina aki így szeretne pénzt kizsarolni volt urától. A kis bernáthegyi kölykök már a fogságban születnek meg és úgy tűnik, nem kerülhetik el a végzetüket: a gonosz Regina arra készül, hogy vízbe fojtja őket!
A Newton család azonban egy emberként felsorakozik a büszke és haragos apuka, Beethovenmögé, és mentőakciót szerveznek a kiskutyák és anyukájuk kiszabadítására.