Kiderül, hogy idősebb Jones professzor a nácik fogságában van. A németek tudják, hogy Jonestitkos naplója számos olyan fontos feljegyzést tartalmaz, amely segíthet nekik közelebb kerülni néhány hőn áhított műkincs lelőhelyéhez.

Ezúttal sem akármilyen ereklye után folyik a hajsza: a nácik a Szent Grált akarják megszerezni mindenáron, a kelyhet, amely a legenda szerint az örök élet kulcsa!

Indy kénytelen behatolni az oroszlán barlangjába - a nácik főhadiszállására, hogy kiszabadítsa apját. A két Jones ettől kezdve egyszerre lesz üldözött és üldöző: életveszélyes kalandok tucatjain vereszik át magukat, hogy a németek előtt kaparintsák meg a kelyhet, miközben sarkukban lohol az egész Harmadik Birodalom. A kalandok során fény derül arra is, honnan kapta ifjabb Jones az Indynevet!